Крещен в ц. Вознесения, что при Адмиралтейской слободе. Погребен на Волковом православном кладбище. С юности отличался особенной религиозностью. По окончании С.-Петербургского университета (1842), отправился за границу с намерением знакомить иностранцев с Православием, получив при этом от министра просвещения гр. С.С.Уварова поручение изучить состояние там среднего и низшего образования. В Берлине он познакомился с Шеллингом. В Риме обратился в католичество (с именем Этьен), вступил в орден иезуитов и после 5 лет занятий католическим богословием принял священство. Высочайше утвержденным 25.2.1854 мнением Государственного Совета за отступление от Православия, принятие католичества со вступлением в монашеский иезуитский орден и за оставление Отечества с нарушением верноподданнического долга и присяги - приговорен к лишению всех прав состояния (= дворянства) и к вечному изгнанию. В случае же самовольного возвращения в Россию велено сослать его на поселение в отдаленнейшие места Сибири. В 1853 г. Джунковский вышел из ордена и уехал в Париж, где действовал в качестве члена "Восточного общества для соединения церквей", основателя миссии в окрестностях Парижа, участника "Братства слепых", "Братства сирот", "Братства немцев, живущих в Париже", сотрудника нескольких духовных газет, духовника парижских монастырей, учредителя миссии среди парижских тряпичников и наконец сделался одной из наиболее популярных личностей в Париже. В 1853 г, он снова явился в Рим с проектом переустройства католической церкви (главным образом, уничтожения целибата). Проект его был отвергнут, и его стали удалять из Рима под предлогом различных поручений, которые он все успешно выполнял: в Вене вел переговоры с Императором о конкордате, в Вестфалии восстановил древнюю католическую епархию, в Лондоне построил церковь для иностранных католиков. В 1855 г. его делают начальником миссии у эскимосов. В течение 7 лет он устроил между эскимосами 7 приходов и восстановил 7 католических епархий, упраздненных со времени Реформации - в Норвегии, Швеции, Шотландии, Исландии. В это же время он напечатал большое количество проповедей на французском, норвежском, английском и итальянском языках и несколько астрономических, геологических и философских трактатов. Он продолжал настаивать на осуществлении проекта, и снова ему было отказано. Тогда он удалился во Флоренцию, где составил замечательный труд "Dictionnaire de missions", изданный в 1864 г. патрологом Минем (Migne). В 1861 г. он решил разорвать с католической церковью и женился на англичанке. В октябре 1866 г. заявил о желании возвратиться в Православие и в своем прошении повергался к Государевым стопам. Православный священник Иоанн Базаров, находящийся в Штутгарте, убедясь в искренности С.С.Джунковского, 16.1.1866 воссоединил его с Православной Церковью в придворной церкви Ее Величества Королевы Вюртембергской в качестве простого мирянина. Высочайшим Указом министра внутренних дел от 17.3.1866 (за №13827) С.С.Джунковскому было разрешено возвратиться в Россию с дарованием прежних прав состояния (= дворянства), но без прав на прежнее имущество. Тем же указом ему было разрешено вступить в государственную службу. Впоследствии состоял на службе в учебном комитете Св. Синода.