В 1855 окончил курс академии генерального штаба, направлен на Кавказ. C 1865 - генерал-губернатор Дагестанской области. В 1868 произведен в генерал-майоры. С 1876 возглавлял центр кавказского военно-народного управления в Тифлисе, в 1878 произведен в генерал-лейтенанты. В 1883 назначен начальником Закаспийской области. При нем, в 1884 году, присоединены к русской территории оазисы Мервский, Тедженский, Серахский и Иолантский, закрепленный за Россией боем при Кушке 18.03.1885, с добавлнием Пенджинского оазиса. Площадь присоединенных Комаровым территорий составила 196327 кв. верст. За политическую операцию по принятию Мерва в русское подданство награжден орденом Белого Орла, а за победу на Кушке - золотой шпагой с бриллиантами с надписью "за храбрость". В 1890 отчислен в запас с производством в генералы от инфантерии. сочетал военную службу с этнографическими исследованиями на Кавказе и в Средней Азии и археологическими раскопками на территории бывшего Туркестана. В 1885 нашел следы древней цивилизации, впоследствии названной "Бактрийско-Маргианским археологическим комплексом", неподалеку от Ашхабада первым начал раскопки древней Нисы - духовного центра и столицы Парфянской империи. Передал обширную палеонтологическую коллекцию, собранную в Дагестане в Кавказский музей; коллекцию ящериц из Мерва - зоологическому музею Московского университета; около 3000 наиболее редких восточных монет уступлены им Императорскому Эрмитажу. Почетный член Киевского церковно-археологического общества, действительный член Московского и Санкт-Петербургского археологических обществ, Лионского этнографического общества. Главные труды А.В. Комарова: "Народонаселение Дагестанской области" ("Записки Кавказского Отдела Императорского Русского Географического Общества", книга VIII, с этнографической картой, 1876), "Адаты (обычное право) дагестанских горцев и судопроизводство по ним" (1868), "История кюринских и казикумыкских ханов" (в "Сборнике сведений о кавказских горцах").